Els vaixells de fusta fan aigua constantment. La fusta es tracta i es protegeix però no s’impermeabilitza del tot. Això fa que es produeixin sempre filtracions a través de la fusta. L’aigua que es filtra a l’interior del vaixell s’acumula a la part més baixa del buc: la sentina (cavitat expressament construïda per això, que és en la confluència entre la quilla i les quadernes a tot el llarg de la quilla), i s’ha de treure amb les bombes de buidatge.
El Santa Eulàlia porta encara instal·lades dues bombes de buidar antigues, que s’accionen manualment. Són aquestes dues que hi ha a coberta. Buiden la sentina de la part de la bodega i la de la part de popa.
Per qüestions de seguretat, comoditat i de normativa, el vaixell va equipat amb bombes modernes elèctriques, que es posen en funcionament automàticament, però s’ha volgut conservar també les bombes tradicionals manuals.