La bodega del Santa Eulàlia té una capacitat de 340 m3 i 190 tones.
Ha estat utilitzada per transportar tot tipus de mercaderies, però sobretot sal, materials d'obra (ciment), taronges, cereals i fusta.
La càrrega de les mercaderies es feia per les escotilles de la bodega, amb l'ajut d'aparells de servei, amb els quals des de la coberta s’alçaven els embalums que eren al moll i es pujaven a bord, introduint-los a la bodega. Les mercaderies s’havien d’estibar convenientment, distribuint els pesos de manera que el centre de gravetat de la nau no variés i lligant-los bé per tal d'evitar que es produís un desplaçament de la càrrega durant el viatge, cosa que comportava una desestabilització de la nau.
Aquesta distribució racional dels espais respon a la finalitat per la qual va ser construït el pailebot: el transport de mercaderies. Els vaixells que s’hi dedicaven havien de disposar d’una gran bodega de càrrega i havia d’estar en la part central del vaixell, per la bona distribució dels pesos i del centre de gravetat.
La bodega del Santa Eulàlia va aconseguir recuperar l'aspecte que tenia originalment -d’aquesta manera ens podem fer una idea de la quantitat d’espai destinat a la càrrega- i s’ha dotat amb peces pròpies de l'època, com per exemple les defenses fetes amb caps, recanvis de maniobres, de caps i bossells, etc.